El Proyecto Educativo define que el impulso y fortalecimiento de la actividad investigativa en la institución se realiza a través del Centro de Investigaciones y Servicios Empresariales - CISE. Por ello, dentro de la estructura organizativa de la Corporación Universitaria de Ciencia y Desarrollo - UNICIENCIA, se encuentra la dirección de investigaciones como órgano directivo que realiza la gestión de la investigación institucional, desde el CISE. El sistema de investigaciones cuenta con un comité de investigaciones que asesora, apoya y contribuye a definición y seguimiento a la política y al sistema de investigaciones.

El Sistema de Investigación considera dos estrategias claramente definidas que articulan la investigación con la docencia y la proyección social. El Programa de Investigación Científico Empresarial-PICE, es una estrategia de formación transversal que busca desarrollar en los estudiantes las competencias y la cultura de investigación científica y el emprendimiento empresarial (PEI, 2004).

Uno de los componentes importantes del sistema de investigación lo constituyen los observatorios, centro de estudio y emprendimiento. La unidad básica del sistema de investigación son los grupos de investigación, los cuales desarrollan investigación en sentido estricto, formación para la investigación, desarrollo tecnológico e innovación dentro las líneas de investigación institucionales que articulan las funciones sustantivas y espacios de formación tales como los semilleros de investigación.